依托学院建有1个国家地方联合工程实验室，1个省级工程实验室、1个部属科学观测实验站、1个院企联合枣学研究中心、14个校内外教学科研实习基地。
实验室名称
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实验室类别
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建设时间（年）
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1. 南疆特色果树高效优质栽培与深加工技术国家
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地方联合工程实验室国家发改委
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2016
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2. 南疆特色果树生产与深加工工程实验室
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兵团发改委
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2013
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3. 农业部阿拉尔作物有害生物野外观测站
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农业部学科群
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2010
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4. 环塔里木生态农业协同创新中心
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兵团科技局
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2014
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5. 南疆有害生物综合治理重点实验室
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校级
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2010
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6. 棉花科学学院
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校/所/企共建
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2014
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7. 枣学研究中心
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校企（新禾丰）共建
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2009
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8. 南疆特色作物生物学重点实验室
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院建
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2011
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9. 塔里木盆地地表过程与生态恢复重点实验室
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院建
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2015
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